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IT per la gestione di Big Data a supporto della medicina traslazionale

Negli ultimi anni la disponibilità di nuove tecnologie per la ricerca traslazionale hanno reso indispensabile l'utilizzo di soluzioni informatiche efficaci per analizzare ed integrare BigData clinici e molecolari raccolti da ampie coorti di pazienti per fini diagnostici o terapeutici. 

Una soluzione d'eccellenza per l'integrazione dei dati a supporto della ricerca traslazionale è stata sviluppata dal centro di ricerca  i2b2 - Informatics for Integrating Biology and the Bedside (Università di Harvard, Boston www.i2b2.org) finanziato dal NIH. Questo centro di ricerca ha sviluppato i2b2, un software open-source basato su un data-warehouse capace di integrare tutti i dati provenienti da ricoveri ospedalieri e pratica clinica, rendendoli disponibili e facilmente accessibili ai ricercatori. Ad oggi diverse istanze di i2b2 sono installate in centinaia di centri clinici per gestire dati di oltre 100 milioni di pazienti. i2b2 rappresenta una delle piattaforme di riferimento del "precision medicine program’’ recentemente finanziato dal governo USA e dal Presidente Obama.

Il Laboratorio di Informatica Biomedica “Mario Stefanelli” (BMI) è un partner accademico del progetto i2b2 sin dal 2008 e ha implementato la piattaforma i2b2 a supporto di molti progetti di ricerca traslazionale in tutti i centri clinici di Pavia.

    1. Fondazione IRCCS “C. Mondino Istituto Nazionale di Neurologia” , Pavia, Italia
      • Lab. Neurobiologia Sperimentale (2009)
    2. IRCCS Fondazione Policlinico San Matteo, Pavia, Italy
    3. IRCCS Fondazione Salvatore Maugeri, Pavia, Italy
      • Reparto Riabilitazione Cardiologica (2012) 
      • Unità di Oncologia (2011)
      • Hospital Information System (2016)

L'Università di Pavia ha anche implementato piattaforme i2b2 a sostegno di attività di ricerca in altri ospedali italiani:

    1. IRCCS Centro cardiologico Monzino, Milano, Italy  – Unità di Terapia Intensiva (2011)
    2. IRCCS Fondazione Ca Granda Ospedale Maggiore Policlinico, Milano, Italy – HIS (2016)

e per l'integrazione dei dati in alcuni progetti europei:

    1. FP7-INHERITANCE (La Coruña - Spain) – Cardiomiopatie (2011)
    2. IMI-SUMMIT (Lund, Sweden) – complicazioni cardiovasculari  (2013)
    3. FP7-MOSAIC (ASL and FSM Pavia, Valencia, Athens-GR) – Diabete (2015)

 

BIOMERIS è uno Spin-Off  accademico dell'Università di Pavia e partner ufficiale della i2b2 Foundation. Dal 2012 BIOMERIS fornisce servizi professionali per:

    • implementare l'ambiente i2b2 in varie strutture di ricerca europee
    • sviluppare nuove estensioni per gestire BigData clinici e molecolari, come i dati generati da Next Generation Sequencing (BigQ-NGS)